Reconstrucción de cadenas genómicas con gráficos de Bruijn emparejados

La secuenciación del genoma genera millones de lecturas cortas y emparejadas que deben ser unidas para decodificar el ADN de un organismo, y comprender cómo reconstruir estas cadenas genómicas es una habilidad fundamental en la bioinformática moderna y la biología computacional. Este curso basado en texto lo guiará a través de los conceptos matemáticos y algorítmicos básicos utilizados para resolver el problema de ensamblaje de secuencias.Aprenderá cómo representar datos genómicos como gráficos de Bruijn emparejados y aplicar algoritmos clásicos de travesía de gráfico para reconstruir la secuencia original. Lo que aprenderás: - Comprender los conceptos fundamentales de la secuenciación de ADN, k-mers y lecturas de extremos emparejados. - Construir gráficas de Bruijn emparejadas a partir de patrones con espacios y lecturas emparejados. - Aplicar algoritmos de ruta euleriana para recorrer gráficas genómicas complejas sistemáticamente. - Reconstruir cadenas genómicas utilizando la cadena escrita por el algoritmo de patrones con espacios. - Implemente estos algoritmos de bioinformática en Python limpio y moderno utilizando tipos de datos estructurados. - Analizar los desafíos comunes de ensamblaje de secuencias, incluidas las repeticiones genómicas y las variaciones estructurales. Comenzando con la terminología básica y las definiciones fundamentales de la teoría de grafos, este curso lo guía paso a paso a través de la construcción de grafo, algoritmos de búsqueda de caminos y reconstrucción de secuencia final. Está diseñado para principiantes en bioinformática, estudiantes de ciencias de la computación, o programadores curiosos sobre algoritmos genómicos, que requieren solo conocimientos básicos de programación.Empieza a leer hoy para dominar el núcleo algorítmico del ensamblaje del genoma moderno.